بناءً على القانون رقم (22) (لسنة 2008م) بشأن الهيكل التنظيمي للجامعات ومؤسسات التعليم العالي، وعلى التعميم الصادر من إدارة الدراسات العليا بالوزارة بشأن الهيكل التنظيمي لإدارات الدراسات العليا بالجامعات فإن الإدارة تمارس اختصاصاتها من خلال المكاتب والاقسام الأتية:
مكتب الدراسات العليا .
مكتب البعثات وشؤون المعيدين .
ويمارس مهامه من خلال الأقسام التالية :
1- قسم شؤون المعيدين. 2- قسم الإيفاد الداخلي. 3- قسم الإيفاد الخارجي.
مكتب التدريب .
مكتب السكرتاريا .
مكتب الشؤون المالية .
مكتب الشؤون الإدارية .
الأقســــــــام المســــــاندة :
1- قسم ضمان الجودة وتقييم الاداء. 2- قسم الدعم الإلكتروني.